Né dans une famille chérifienne[1] et notable tunisoise, il est le fils d'Ahmed Ennaifer, commerçant parfumeur. Il épouse en premières noces Hannouna Mezri qui lui donne une fille puis en secondes noces Mannana, fille du caïd-gouverneur Hmida Azaiez allié au riche fermier fiscal Mahmoud Djellouli, qui lui donne trois garçons.
Ennaifer est l'un des précurseurs de la dignité religieuse dans cette famille qui se poursuivra avec les générations suivantes. Il apprend tout jeune le Coran et étudie à la Zitouna. Il est l'élève de l'élite des ouléma de l'époque : Sidi Brahim Riahi, Mohamed Ben Slama, Mohamed Banna, Mohamed Snoussi, Mohamed Ben Mlouka ou Mohamed Maaouia[1].