Samejima sert plus tard comme capitaine sur les corvettes Kongō(en) en 1889 et Fusō(en) en 1890[2]. Envoyé en France en 1891, il supervise l'achèvement du croiseur Matsushima(en) et de son voyage de retour de la France au Japon, et en reste capitaine jusqu'en 1893
Il sert ensuite comme commandant de l'école navale impériale du Japon à partir de , et est promu vice-amiral en 1897. En , il devient commandant en chef du district naval de Yokosuka, et en , commandant de la flotte de préparation.
Samejima est promu amiral en et est décorée de l'ordre du Milan d'or (2eclasse) en 1906. En outre, début 1907, il reçoit le titre de baron (danshaku) selon le système de noblesse kazoku[1]. Il entre dans la réserve plus tard dans l'année[2].