Les origines de San Daniele Po remontent probablement au Moyen Âge, des traces de fortifications dans la région sont attestées dès le XIe siècle. La localité est mentionnée parmi les places fortifiées en 1404, alors que la région était sous domination crémonaise. À cette époque, San Daniele Po faisait partie d’un réseau de défenses fluviales, aux côtés de localités voisines comme Solarolo Monasterolo, elle-même dotée de fortifications dès le XIe siècle.
Au cours des siècles, San Daniele Po a connu une histoire liée à celle des familles nobles et des seigneurs locaux, notamment les Pallavicino, qui ont marqué la région par leur influence politique et militaire. Le territoire a également été le théâtre de conflits et d’alliances, notamment lors des luttes entre les communes et les seigneurs féodaux pour le contrôle du Pô et des terres environnantes.
Au XVe siècle, San Daniele Po est citée dans des documents historiques comme un lieu stratégique, notamment dans le traité de paix et d’alliance entre le duc de Milan Philippe Marie Visconti et le marquis Orlando Pallavicino en 1431, qui évoque explicitement les fortifications de la région. Cependant, il ne reste aujourd’hui aucune trace des anciennes structures défensives, comme le château ou l’église dédiée à San Michele, qui ont disparu au fil des siècles.
La vie économique et sociale de la commune a toujours été étroitement liée à l’agriculture et à l’artisanat, avec une population répartie entre le chef-lieu et les hameaux environnants. Les fêtes locales, comme celles des saints patrons Daniele et Carlo, ainsi que la fête de la Madonna à Isola Pescaroli, témoignent d’une tradition culturelle et religieuse encore vivaces.