La Scapêche est fondée le , dans le secteur de la pêche en eau profonde (chalutage au-delà de 600-800 mètres), ciblant des espèces comme le sabre, le grenadier de roche ou la lingue bleue[1].
En 2013, Scapêche sollicite une évaluation de l’écolabel international Marine Stewardship Council (MSC) pour sa pêcherie de la lingue bleue, du grenadier de roche et du sabre noir au chalut, trois espèces qui vivent dans les profondeurs de l’Océan[2].
À la suite d'une campagne contre le chalutage profond menée en 2013-2014 par l'association BLOOM, le Fonds mondial pour la nature - France (WWF) et la Deep Sea Conservation Coalition, la Scapêche est désignée leader française sur cette activité critiquée pour son impact sur les écosystèmes marins fragiles. En raison de cette mobilisation et de la vulnérabilité des espèces et des milieux océaniques, elle annonce cesser le chalutage au-delà de 800 mètres de profondeur, à partir de 2015[1],[3].
L'entreprise exploite en 2015 une flotte de 23 navires, dont 15 chalutiers, emploie environ 240 marins en mer ainsi qu'une trentaine à terre, qui extraient près de 15 500 tonnes de poisson pour une valeur de 43,4 millions d'euros à la première vente. La pêche profonde représente en 2015 plus que 16% dans son activité, contre 41% il y a dix ans[1]. Elle se reporte vers d'autres espèces telles que le lieu noir, l'aiglefin, le cabillaud, la lotte ou le merlu[4].
En 2022, elle emploie approximativement 200 marins. L'entreprise est le seul acteur français à maîtriser l’intégralité des maillons de la filière pêche. Elle s'approvisionne en thon pêché avec des dispositifs de concentration du poisson[5].
En 2023, contraint par le Brexit, la Scapêche, place sept navires hauturiers —quatre chalutiers, deux caseyeurs et un palangrier— à la casse, dans le cadre du plan d’accompagnement individuel, accompagné par le gouvernement français. Ceux-ci pêchaient initialement en mer du Nord, ouest-Ecosse, mer Celtique et golfe de Gascogne[6]. Le volume annuel de pêche de l'entreprise représente en 2023, plus de 12 000 tonnes de poissons et crustacés[6].
En , Bloom porte plainte devant le Jury de déontologie publicitaire au sujet de la publicité à succès d'Intermarché sur Le loup mal aimé. L'association estime que l'enseigne porte un message erroné sur l'abondance du poisson et entretient une confusion entre végétarisme et consommation de poisson «au bénéfice direct de la promotion de produits issus de la pêche d'Intermarché, [../.] qui pratique le chalutage, la méthode de pêche la plus destructrice d'entre toutes»[7].
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