Sean Gallagher est drafté en 12etour par les Cubs de Chicago en 2004[1]. Il joue son premier match dans les majeures avec les Cubs le et est appelé en relève à quelques reprises au cours de la saison.
Les A's emploient Gallagher comme releveur au début de la 2009 mais ses performances impressionnent peu. Le 28 juillet, Oakland transfère Gallagher à San Diego pour compléter une transaction réalisée plutôt et dans laquelle les Padres avaient échangé Scott Hairston. Gallagher termine la saison avec un dossier de 3-2 et une moyenne de 5,95 en 19 manches et deux tiers lancées.