En mai 2005, il a été arrêté lors de l'opération Butterfly. Le 31 janvier 2007, il a de nouveau été reconnu coupable de constitution et de direction d'une organisation criminelle, de vol, de faux et usage de faux, et de deux chefs d'accusation de séquestration, et condamné à 14 ans et cinq mois de prison[3],[4].
En mai 2021, il fait plusieurs déclaration sur sa chaine Youtube où il accuse plusieurs personnes du gouvernement turc et aussi des proches du gouvernement[5],[6].
Il accuse Süleyman Soylu de l’avoir trahi après l’avoir un temps protégé. Sedat Peker affirme que le Süleyman Soylu l’a tenu informé de l’avancement de l’enquête le concernant. En retour, il l’aurait aidé en avril 2020 en organisant une campagne sur Twitter pour s’opposer à sa « fausse démission »[5].
Il accuse Erkam Yıldırım le fils de Binali Yildirim, d’être impliqué dans un trafic international de cocaïne[5],[7].
Il accuse aussi Mehmet Ağar d'être impliqué dans plusieurs crimes notamment dans le meurtre du journaliste chypriote Kutlu Adalı, en 1996, avec la complicité de son fils, le député Tolga Ağar. Il a aussi déclaré, sans fournir plus de preuves, que Mehmet Ağar était responsable du meurtre d’un autre journaliste, Ugur Mumcu, tué dans l’explosion de sa voiture en 1993, et un an plus tard de celui du mari de Pervin Buldan, codirigeante du Parti démocratique des peuples, pro-kurde[5].
Suite à ces déclarations, la Turquie émet un mandat d'arrêt contre Sedat Peker[5].
Le 30 mai 2008, pendant son incarcération, Sedat Peker a épousé son avocat, Özge Yılmaz[8].
