Ce genre est créé en 1990 par reclassement de deux espèces des genres Obesumbacterium et Escherichia, déjà comptées parmi les Enterobacteriaceae[1].
Jusqu'en 2016 il était rattaché par des critères phénotypiques à la famille des Enterobacteriaceae. Malgré la refonte de l'ordre des Enterobacterales par Adeolu et al. en 2016 à l'aide des techniques de phylogénétique moléculaire, Shiwellia reste dans la famille des Enterobacteriaceae dont le périmètre redéfini compte néanmoins beaucoup moins de genres qu'auparavant[2].