Pendant la Seconde Guerre mondiale, Skënder Muço rejoint les rangs du parti Balli Kombëtar, l'une des plus importantes organisations de résistance en Albanie. Fin novembre 1942, avec Hysni Lepenica, ancien officier de gendarmerie de Gjirokastër, il fonde le premier bataillon du Balli Kombëtar à Vlore nommé Shqiponja[1]. Muço devient également chef du parti dans la région de Vlore et membre du conseil de l'organisation[2]. En tant que commandants de Shqiponja, Muço et Lepenica affrontent à plusieurs reprises les troupes italiennes et plus tard allemandes. L'une des plus importantes de ces batailles fut la bataille de Gjorm, au cours de laquelle le Balli Kombëtar infligea de lourdes pertes à l'armée italienne[3].
En 1943, il est l'un des représentants du parti dans l'accord de Mukje, un traité de collaboration signé par Balli Kombëtar et le Mouvement de libération nationale[4]. Avec Musine Kokalari, Muço fonde le premier parti social-démocrate d'Albanie en 1943-44 en tant que faction de Balli Kombëtar. Le 21 novembre 1943, il écrivit et publia une brochure qualifiant les troupes allemandes et leurs collaborateurs albanais d'« ennemis barbares »[2]. Le 7 août 1944, il est pris en embuscade et capturé par les troupes allemandes alors qu'il se rend à Vlore avec deux autres albanais du parti, Yzeir Ismaili et Zako Mezi. Il est exécuté trois jours plus tard à Bubullimë (Lushnjë), dans l'Ouest de l'Albanie[1].
