Hureau de Villeneuve fonde la Société sous le nom de Société française d'encouragement pour la navigation aérienne en 1872. Elle prend son nom officiel dès l'année suivante[1].
Elle reprend la publication de la revue L'Aéronaute, édité depuis 1865[1].
Alphonse Pénaud est vice-président de la Société en 1876[1].
La Société est, entre autres, à l'origine de la souscription publique lancée pour venir en aide aux familles des victimes de l'accident du ballon Zénith, ballon qu'elle avait financé, en 1875[2].
La Société ne réapparait pas après la Seconde Guerre mondiale.