En 1998, elle s'installe comme une filiale de droit local, avec la Société Générale comme actionnaire majoritaire (détenant historiquement environ 57 % du capital), aux côtés de l'État équatoguinéen et de partenaires privés[2].
Durant les années 2000, la banque a profité de l'explosion du secteur des hydrocarbures. Elle est devenue l'interlocuteur privilégié des grandes entreprises internationales et des institutions publiques, se hissant rapidement au rang de leader du marché bancaire local en termes de dépôts et de crédits[3].
En 2010, le groupe a essayé de vendre sa filiale à Bank of Africa. Cependant, après quatre ans de négociations, le groupe marocain a rejeté la transaction[4].
En 2013, après la vente de Société générale Égypte. Le groupe a manifesté encore son interes de vende sa filiale en Guinée Équatoriale[5].
En décembre 2016, les autorités de Malabo ont harcelé la direction de la SGBGE. Trois cadres expatriés (deux Français et un Espagnol) ont été interpellés et leurs passeports confisqués[6]. Teodorin Obiang accusait la banque d'avoir transmis ses relevés de compte à la justice française et à des ONG (comme Transparency International) dans le cadre de l'enquête sur ses actifs en France[7]. Le gouvernement a alors suspecté les employés d'être au service "d'intérêts occultes" étrangers[8].
Le 8 juin 2023, Société Générale annonce la cession de SGBGE.[9].
En 2024, le groupe a signé un accord avec l'État équatoguinéen pour lui céder sa participation totale (57,2 %). Ce type de transaction permet généralement à l'État de reprendre le contrôle de son infrastructure financière ou de faciliter l'entrée d'un repreneur régional (souvent des groupes panafricains comme BGFIBank ou Vista)[10].