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Après un séjour à Montréal, il revient vers Québec en 1847, où il imprime des œuvres religieuses pour Augustin Côté, Octave Crémazie et Joseph-Édouard Cauchon, alors journalistes du journal de Québec. Drapeau aide aussi à publier les revues l’Ordre social et l’Ami de la religion et de la patrie.
Membre de l'Institut canadien de Québec, ses nombreuses publications ont été utilisées par Joseph-Charles Taché et par d'autres historiens pour compiler des statistiques sur divers sujets historiques. Il avait exigé en 1858 que l'on poursuive les travaux de colonisation dans le Canada-Est.
Dans les années 1870, Drapeau lance un projet historique destiné à recenser les institutions caritatives canadiennes depuis les origines. Il lance un premier livre dédié au gouverneur-général lord Blackwood, mais doit abandonner devant le manque d'enthousiasme.
À Ottawa, il lance une nouvelle revue en 1876 appelée Le Foyer domestique, qui réunit d'illustres collaborateurs mais qui cesser de générer des revenus en 1879. Après une réorganisation de l'entreprise, la revue gagne en popularité et a un tirage estimé de 50 000 abonnés et publie jusqu'en 1890 après maintes tentatives de relancement.
En 1889, Drapeau lance un journal politique intitulé Le Drapeau national, un projet qui lui était cher depuis longtemps. Il correspond avec Joseph-Adolphe Chapleau et Honoré Mercier et tente de rivaliser avec Gustave Desaulniers. Cependant, en raison de sa vieillesse, il préfère se retirer vers la campagne avec son beau-frère le curé et meurt à Pointe-Gatineau le à l'âge de 71 ou 72 ans.
De son vivant, son ami Charles Thibault a publié sa biographie en 1891. Très curieux et gestionnaire de premier plan, son travail dans l'imprimerie fera de lui une figure marquante dans la littérature nationale canadienne naissance.
