S.F. Kotzé, plus couramment désigné sous son surnom de Pen Kotzé, nait le dans la ferme familiale située à Melkbosfontein près de Piketberg.
Il suit par correspondance des études supérieures en sciences sociales entame une carrière politique en 1946 au sein de l'appareil administratif du parti national pour la région de la péninsule du Cap.
En 1947 - le jour de son anniversaire - il se marie à Anna Hendrina Stassen avec qui il a 4 enfants (Gerhard, Hennie, François et Annerie).
En 1958, il est élu député de la circonscription de Parow et est vice-président du groupe parlementaire du parti national de 1974 à 1978. Il est alors considéré comme un conservateur au sein du parti national.
En novembre 1978, Kotzé entre au gouvernement de Pieter Botha comme ministre adjoint puis en devient ministre du Développement communautaire (1980-1984) et des services d'assistance publique (1980-1981). En tant que ministre du développement communautaire, il est chargé de la gestion des populations coloureds et indiennes d'Afrique du Sud et entretient les relations avec leurs conseils représentatifs respectifs (abolis en 1984).
En 1984, après l'entrée en vigueur de la nouvelle constitution sud-africaine instituant un parlement tricaméral, Pen Kotzé entre au conseil présidentiel au côté de Piet Koornhof.
