Stráž nad Nisou se trouve au point de confluence entre la Černá Nisa et la Lužická Nisa (Neisse de Lusace, c'est-à-dire la Neisse), à 4 km au nord-ouest du centre de Liberec et à 90 km au nord-est de Prague[3].
Le territoire de la commune forme une enclave à l'intérieur de la commune de Liberec[4].
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