Il est ensuite appelé à Rome par ses supérieurs. Séamus Freeman devient en 1981 recteur et directeur des études de la maison de Thurles, où il demeure jusqu'en 1989, date à laquelle il est nommé vicaire général de la Société d'apostolat catholique. Après la mort du recteur général Martin Juritsch, le Père Freeman est élu recteur général (c'est-à-dire supérieur général) de sa congrégation en 1992, pour six ans. Son mandat est renouvelé jusqu'en 2004. Le P. Friedrich Kretz lui succède.
Il devient curé de la paroisse pallottine anglophone de Rome en 2004. Le P. Freeman est élu en décembre 2005 président du conseil général de coordination de l'union de l'apostolat catholique.
