Le jeu est la suite directe des trois précédents jeux Trails of Cold Steel. Il présente un grand nombre de personnages faisant leur retour de la trilogie Trails in the Sky [4] et de la duologie Crossbell [5] ainsi que des titres précédents de la quadrilogie Trails of Cold Steel[6].
Deux semaines après la bataille contre la bête divine corrompue, Juna, Kurt et Altina se réveillent pour se rendre compte que tandis qu'eux et les autres amis de Rean ont réussi à s'échapper, Rean lui-même a été capturé par Osborne. Déterminé à sauver Rean et à mettre un terme aux plans d'Osborne, Juna prend en charge la classe VII et parcourt Erebonia et Crossbell pour essayer de comprendre quels sont les plans d'Osborne et d'Ouroboros. Au cours de leur enquête, ils découvrent que le gouverneur de Crossbell, Rufus, avait profité de son influence pour trouver et prendre possession du dernier chevalier divin restant. Le groupe découvre enfin le lieu où Rean est détenu et organise une mission de sauvetage. À leur arrivée, ils découvrent que Rean a déjà complètement succombé à sa malédiction Ogre, mais la présence de tous ses amis lui permet de reconstruire son cœur et de retrouver ses esprits. Crow décide de rejoindre l'équipe de Rean. Osborne arrive ensuite et explique que maintenant que tous les chevaliers divins ont été réveillés, ils peuvent commencer la « Rivalité », ce qui implique que les détenteurs des chevaliers divins se battent jusqu'à ce qu'il n'en reste plus qu'un, le survivant devenant le nouveau vaisseau du Great One, Ishmelga. Rean jure de mettre un terme au plan d'Osborne tandis que celui-ci s'échappe.
Alors que Rean et ses amis se regroupent, il est également révélé que Millium avait survécu, ayant pris la forme de l'épée que Valimar brandit désormais. Rean décide de poursuivre la Rivalité pour l'instant, étant la seule piste menant vers Osborne. Ils affrontent d'abord Rutger et Arianrhod, qui perdent tous les deux. Rutger décède paisiblement tandis qu'Arianrhod est assassinée par Rufus avant qu'elle ne puisse se joindre à Rean. Les partisans de Rutger et d'Arianrhod unissent leurs forces avec Rean. Pendant ce temps, alors que la malédiction commence à s'emparer de tout Erebonia, le pays tout entier commence à se mobiliser pour la guerre contre la République de Calvard. Osborne et Ouroborus lèvent alors une forteresse flottante massive où ils attendent l'arrivée de Rean.
Tandis que ses amis et alliés désactivent les défenses de la forteresse, Rean, la nouvelle et l'ancienne classes VII montent à bord de la forteresse et combattent ses protecteurs, vainquent Cedric, Rufus et Black Albreich, laissant Osborne comme le dernier détenteur du chevalier divin. Il est également révélé qu'Osborne est en fait la forme ressuscitée de Dreichels, un ancien héros qui a joué un rôle déterminant dans la formation d'Erebonia, qui avait pris la malédiction en lui pour la détruire définitivement la malédiction. Rean et Osborne s'affrontent ensuite dans une dernière bataille, Rean en sort victorieux.
Dans la fin du jeu par défaut, Rean hérite de la malédiction avec la défaite d'Osborne mais n'est pas assez fort pour contenir Ishmelga. Au lieu de cela, lui, Crow et Millium se sacrifient pour détruire Ishmelga, libérant Erebonia de la malédiction au prix de leur vie.
Dans la vraie fin du jeu, qui est déverrouillée en terminant le jeu une première fois, Rean est capable de trouver un moyen de séparer Ishmelga de son âme. Alors que Rean est libéré de la malédiction, Ishmelga se manifeste physiquement. Rean et tous ses amis et alliés travaillent ensemble pour vaincre Ishmelga pour de bon. Rean fait ses adieux aux esprits d'Osborne, de Rutger et d'Arianrhod. Avec leur devoir accompli, les Chevaliers Divins utilisent les derniers de leurs pouvoirs pour restaurer les corps de Crow et Millium avant de disparaître. L'Empereur se remet de ses blessures et reprend le contrôle d'Erebonia. La guerre avec la République de Calvard est évitée et Rufus est arrêté tandis qu'Osborne porte toute la faute. Cedric s'échappe et rejoint Ouroboros. Crossbell parvient à gagner son indépendance. Plus tard, Rean et ses amis assistent au mariage royal du prince Oliver et célèbrent la fin heureuse.
Dans une scène post-crédits, les autres membres d'Ouroboros rencontrent leur chef, le Grand Maître, qui leur assure que, malgré les revers subis par Ouroboros, les événements se déroulent toujours comme prévu. Elle estime que les efforts de Rean ont donné au monde trois ans de répit avant sa fin et déclare le début du « Plan de régression éternelle ».
