Thulani Maseko est assassiné à son domicile le 21 janvier 2023 à Luhleko[8]. S'exprimant plus tôt le jour de l'assassinat, le roi Mswati III déclare publiquement : « Les gens ne devraient pas verser de larmes et se plaindre des mercenaires qui les tuent. Ces gens ont été les premiers à déclencher la violence »[9].
Il est enterré le 29 janvier 2023[10].
Après la mort de Thulani Maseko, de nombreuses organisations de défense des droits de l'homme, ainsi que le Syndicat national des métallurgistes d'Afrique du Sud[11], la Fédération sud-africaine des syndicats[12], la Law Society of South Africa[13], les Nations unies[14], condamnent cet assassinat.
Le gouvernement d'Eswatini publie une déclaration affirmant que « la disparition de Maseko est une perte pour la nation et que ses traces en tant qu'avocat des droits de l'homme sont là pour prouver sa contribution au pays » et déclare qu'une enquête serait menée pour traduire ses assassins en justice[15].
Le président du Pudemo, Mlungisi Makhanya, déclare : « Il ne fait aucun doute que l'assassinat a été perpétré sur ordre du roi… L'assassinat de Thulani par le roi Mswati représente une seule et unique chose : l'assassinat de la paix. Le camarade Thulani était un homme de paix. C'était un dirigeant de principe qui s'est donné à fond dans la lutte pour les droits de l'homme et la démocratie, mais qui a toujours employé des méthodes pacifiques»[9].
Le 23 janvier 2023, Flavia Mwangovya, directrice adjointe d’ Amnesty International pour l’Afrique de l’Est et l’Afrique australe, déclare que le meurtre de Thulani Maseko est « un rappel effrayant » que ceux qui appellent à des réformes politiques en Eswatini ne sont pas en sécurité. Amnesty exige une enquête « efficace, approfondie, impartiale et transparente » sur l'assassinat afin de garantir que ceux qui l'ont perpétré soient traduits en justice. L'organisation déclare que l'enquête devrait être menée par une agence indépendante du gouvernement[16].
Après sa mort, l'épouse de Thulani Maseko, Tanele Maseko, mène une campagne demandant une enquête indépendante sur sa mort[17].