Il est le fils de Don Joaquin Martinez et Maria Guerrero. Lors du déclenchement de la guerre civile en 1854, il s'enrôle dans l'armée loyaliste (conservateur) et atteint rapidement le grade de général.
En 1857, après la défaite et l'expulsion du pays du mercenaire américain William Walker, il signe le «pacte Chachagua» avec le général Maximo Telleria Jerez, chef du Parti démocratique (libéral). Ce pacte établit une coprésidence à la tête de l'État.
Avec son ascension au pouvoir commence une période de trente années de gouvernement conservateur caractérisée par une grande stabilité politique et un développement économique.
Le , il est nommé président intérimaire en attendant que l'Assemblée constituante adopte la nouvelle Constitution de 1858. Durant son mandat comme président par intérim, le traité Cañas-Jerez est signée le avec le Costa Rica définissant la frontière entre les deux pays.
Devenu président constitutionnel le , il établit des relations diplomatiques avec les pays européens (y compris un concordat avec le Vatican), encourage la culture du café et du coton, crée les deux nouveaux départements de Chinandega et Chontales et fait construire le port de Corinto.
En 1863, bien que la Constitution l'interdise, il est réélu pour un second mandat, ce qui entraine les insurrections libérale de Maximo Jerez et conservatrice de Telleria Fernando Chamorro. Après avoir maîtrisé ces deux soulèvements, il reste au pouvoir jusqu'en 1867.
