Cette église surélevée par une tour de 81 mètres (d'où son nom) fut construite sur ordre du prince Menchikov, favori de Pierre le Grand, pour remplacer une église vétuste sur les vastes terrains qu'il avait achetés quelques années auparavant (en 1699), à l'emplacement actuel du quartier du boulevard des Étangs-Purs[2]. C'était une église ouverte aux cérémonies liturgiques pendant la saison d'été. Celles d'hiver ayant lieu dans l'église néo-classique attenante de Saint-Théodore [3]. Elle sonnait aussi les offices des deux églises, car la tour Menchikov n'eut plus de cloche, après un incendie qui eut lieu en 1723[4]. L'église a été fermée par les autorités soviétiques en 1923, puis plus tard, en 1948 après la Seconde Guerre mondiale confiée (ainsi que Saint-Fiodor-Stratilate) au patriarcat orthodoxe d'Antioche[5].
Le prince Menchikov fut mandé à Saint-Pétersbourg pour y être nommé gouverneur en 1710, aussi laissa-t-il derrière lui son domaine de Moscou, et la construction intérieure de l'église, ainsi que de magnifique projets de mobilier et de décoration liturgiques, demeurèrent inachevés, le prince Menchikov étant absorbé par la construction de son palais d'Oranienbaum[8].