La plus ancienne mention écrite de Trątnowice date de 1279. Dans un document émis par le duc Bolesław le Chaste, confirmant les possessions du couvent des clarisses à Grodzisko, la localité est citée sous le nom de Trantnowice. Le duc autorisa alors le transfert de populations de service depuis Goszcza vers ce village, ainsi que vers Wierzbno[1].
Au XVe siècle, le village passa dans la sphère d’influence de la puissante famille noble des Szafraniec, propriétaires du château voisin de Pieskowa Skała. En 1402, Piotr Szafraniec consacra une partie des revenus de Trątnowice à la dotation d’un autel dans la cathédrale du Wawel. En 1412, cette fondation fut étendue et une partie des revenus du village fut affectée au financement de l’Université Jagellonne, soutenant ses professeurs et ses étudiants[2].
Au XIXe siècle, Trątnowice abritait un domaine agricole (folwark). Dans le manoir local naquit le 2 octobre 1880 Edward Kopciński, peintre et pédagogue polonais, élève de Théodor Axentowicz et de Józef Mehoffer[3].
En novembre 1914, pendant la Première Guerre mondiale, des combats opposant les armées russe et austro-hongroise eurent lieu dans les environs du village, dans le cadre de la bataille de Cracovie. Une tombe militaire sous forme de tertre de terre, située dans les champs à proximité de la propriété no 12, constitue un vestige de ces événements. Elle contiendrait les dépouilles de 24 soldats russes et d’un soldat austro-hongrois.
Entre 1975 et 1998, la localité appartint administrativement à l’ancien voïvodie de Cracovie.
