Trichosporon austroamericanum
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| Règne | Fungi |
|---|---|
| Sous-règne | Dikarya |
| Division | Basidiomycota |
| Sous-division | Agaricomycotina |
| Classe | Tremellomycetes |
| Ordre | Trichosporonales |
| Famille | Trichosporonaceae |
| Genre | Trichosporon |
Trichosporon austroamericanum est une espèce de levures basidiomycètes anamorphiques à caractère opportuniste, décrite formellement en 2024[1]. Longtemps confondue avec Trichosporon inkin en raison de leur forte proximité phylogénétique[1], elle est aujourd'hui reconnue comme la deuxième espèce de Trichosporon (en) la plus fréquemment impliquée dans les trichosporonoses (en) invasives en France[2].
Le nom d'espèce « austroamericanum » est formé du latin austro- (« du sud ») et americanum (« américain »), en référence au continent sud-américain d'où provient la première souche identifiée[1].
Historique
Découverte
La première souche de T. austroamericanum est isolée en 2013 au Brésil, à partir des urines d'une patiente de 15 ans, transplantée rénale, lors d'une intervention chirurgicale pour fistule urinaire[1]. L'isolat est alors identifié comme Trichosporon inkin, en raison de la très forte ressemblance phénotypique et moléculaire entre les deux espèces[1].
Reconnaissance comme espèce distincte
Ce n'est qu'en 2024 que Francisco et al. décrivent formellement T. austroamericanum comme une nouvelle espèce, en s'appuyant sur des analyses phylogénétiques approfondies[1]. La confusion historique avec T. inkin s'explique par leur proximité génétique, qui rend leur différenciation impossible avec les outils moléculaires de routine[1].
En 2025, le premier séquençage complet du génome de T. austroamericanum (souche type CBS 17435) est réalisé grâce à la technologie de séquençage à longs fragments Nanopore[3]. L'analyse de l'identité moyenne des nucléotides (Average Nucleotide Identity, ANI) entre T. austroamericanum et T. inkin révèle une valeur de 84,64 %, bien en dessous du seuil conventionnel de 95 % utilisé pour délimiter les espèces, confirmant définitivement qu'il s'agit de deux espèces distinctes[3]. Ces résultats sont corroborés par l'analyse génomique comparative de trois isolats cliniques japonais réalisée par Horiguchi et al.[4].
Description
Morphologie
T. austroamericanum est un champignon anamorphique (asexué) se présentant sous forme de levure. Comme les autres espèces du genre Trichosporon, il produit des arthroconidies par fragmentation des hyphes[1]. Sa morphologie est très proche de celle de T. inkin, ce qui a longtemps rendu leur distinction impossible sur la seule base de l'examen macroscopique et microscopique[1].
Différenciation avec T. inkin
La différenciation entre T. austroamericanum et T. inkin repose principalement sur des méthodes moléculaires, notamment le séquençage de la région IGS1 (Intergenic Spacer 1) et l’analyse phylogénétique multilocus. Elle peut également être complétée par des critères phénotypiques : thermotolérance avec une croissance possible à 45 °C, ainsi que des caractéristiques métaboliques telles que l’absence de croissance sur des milieux contenant 50 % de glucose et l’incapacité à utiliser le succinate ou le citrate[1].
Écologie
Le réservoir environnemental exact de T. austroamericanum demeure inconnu à ce jour[1]. Comme les autres espèces du genre Trichosporon, il fait partie du microbiote transitoire de l'être humain, pouvant coloniser la peau et le tube digestif sans nécessairement provoquer d'infection chez l'hôte immunocompétent[1].
Épidémiologie
Répartition mondiale
Rétrospectivement, des souches de T. austroamericanum — initialement identifiées comme T. inkin — ont été retrouvées dans de nombreuses régions du monde, témoignant d'une distribution cosmopolite[1],[2] :
- au Brésil, dans des hémocultures[1] ;
- en Chine, lors d'infections invasives[1] ;
- en Thaïlande, dans des isolats urinaires[2] ;
- en Inde, dans des mycoses superficielles[1] ;
- en France et en Argentine, dans des cas cliniques divers[1].
Prévalence en France
D'après l'étude de Desnos-Ollivier et al. (2026), portant sur les manifestations cliniques des infections émergentes à Trichosporon spp. en France entre 2002 et 2022, T. austroamericanum représente 22,8 %, ce qui en fait la deuxième espèce de Trichosporon la plus fréquemment isolée dans le pays[2].
Une étude complémentaire menée par de Souza Jimenez et al. a procédé au séquençage de la région IGS1 de 17 isolats initialement identifiés comme T. inkin, aboutissant à la réidentification de la totalité de ces isolats comme T. austroamericanum[5].
Caractéristiques cliniques
Populations à risque
Les infections invasives à T. austroamericanum surviennent principalement chez des patients immunodéprimés ou ayant subi des interventions chirurgicales lourdes[2]. D'après les données françaises portant sur 21 cas[2] :
- 86,4 % des patients sont de sexe masculin ;
- 36,4 % ont subi une chirurgie récente ;
- 36,4 % sont des transplantés d'organe solide.
Manifestations cliniques
Les principaux sites d'infection identifiés sont[2] :
- les fongémies : 68,2 % des cas ;
- les infections osseuses : 18,2 % ;
- les infections cutanées : 4,5 %.
Pronostic
La mortalité à 30 jours est estimée à 22,7 % dans la cohorte française étudiée[2].
Contexte chirurgical européen
Cordier et al. (2026) décrivent un cas mortel d'infection fongique invasive à T. austroamericanum survenue après une transplantation cardiaque, l'isolat ayant été initialement identifié comme T. inkin[5]. Leur revue de la littérature met en évidence plusieurs cas d'infections invasives à T. inkin sensu lato dans les hôpitaux européens depuis 1990, la majorité survenant après des chirurgies lourdes telles que des transplantations pulmonaires ou cardiaques, des remplacements valvulaires aortiques ou mitraux et des procédures de Bentall[5].
Un tableau clinique évocateur est celui d'une fièvre persistante chez un patient immunodéprimé traité par échinocandines, devant faire suspecter une infection à levure rare résistante à cette classe d'antifongiques[5].
Facteurs de virulence
Les analyses génomiques et phénotypiques mettent en évidence plusieurs facteurs de virulence chez T. austroamericanum[4] :
- formation de biofilm et production de protéases ;
- présence d'un gène codant un facteur de transcription à motif Zn(II)₂Cys₆ unique, également retrouvé chez T. asahii ;
- lors d'essais sur le modèle animal Galleria mellonella (fausse teigne de la cire), certaines souches provoquent une réduction drastique de la survie larvaire, avec une virulence supérieure à celle de T. inkin et comparable à celle de T. asahii.
Diagnostic
L'identification de T. austroamericanum constitue un défi diagnostique en raison de sa confusion fréquente avec T. inkin par les méthodes conventionnelles[1]. Les approches suivantes permettent une identification fiable :
- le séquençage de la région IGS1 : méthode de référence pour distinguer T. austroamericanum de T. inkin[1],[5] ;
- la mise à jour de la base de données MALDI-TOF : l'ajout du spectre de référence de T. austroamericanum dans les bases de données de spectrométrie de masse est nécessaire pour une identification correcte en routine[2] ;
- le séquençage du génome complet (technologie Nanopore à longs fragments) : réalisé pour la première fois en 2025 sur la souche type, il confirme la distinction d'espèce par l'analyse ANI[3].
