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Trot Nixon est le héros du 3e match de la Série de divisions 2003 entre les Red Sox et les Athletics d'Oakland, à Boston. Les Red Sox, risquant l'élimination, remportent le match 3-1 grâce à un circuit de deux points de Nixon comme frappeur suppléant en fin de 11emanche contre le lanceur Rich Harden[1], prolongeant une série éliminatoire qu'ils gagnent finalement trois matchs à deux après avoir perdu les deux premières rencontres.
Nixon est membre de l'équipe des Red Sox de Boston qui remporte la Série mondiale 2004 pour un premier titre en 86 ans.
À la suite d'une saison 2006 décevante et marquée par des blessures, les Red Sox refusent de s'aligner sur les demandes salariales du joueur. Ce dernier signe un contrat d'un an le pour trois millions de dollars avec les Indians[2].
Ses prestations chez les Indians au cours de la première partie de la saison 2007 sont assez décevantes avec la pire moyenne au bâton de sa carrière (0,246) pour trois coups de circuit au . Il est relégué sur le banc en fin de saison.
Lors de la pré-saison 2008, il est invité pour participer au camp d'entraînement des Diamondbacks de l'Arizona. Il signe un contrat de joueur de ligues mineures dans l'espoir d'intégrer l'effectif des D-Backs au début de la saison 2008, mais doit se contenter d'une affectation dans l'équipe affilié des Tucson Sidewinders en Pacific Coast League (niveau Triple-A)[3].
Il est transféré chez les New York Mets le et participe à 11 matchs des Mets en Ligue majeure puis signe chez les Milwaukee Brewers le [4] mais ne revient pas dans les majeures.