Le brick fut désarmé au Norfolk Navy Yard du au avant d’être replacé dans le service en . Le Bainbridge quitta alors Hampton Roads, en Virginie, le pour se joindre à la flotte du commodoreWilliam B. Shubrick. La totalité de la flotte gagna le Paraguay afin d’y mener une attaque en représailles au bombardement du Water Witch en . Le Bainbridge ainsi que sa flotte atteint Asuncion au Paraguay en où le problème fut réglé de manière pacifique. Il est ensuite intégré aux Brazil et African Squadrons avant de quitter Rio de Janeiro le pour gagner Boston le de la même année pour y être retiré du service.
Replacé dans le service actif le , le Bainbridge navigua pour le golfe du Mexique du 1er mai au . Il y captura deux goélettes et assista d’autres vaisseaux dans la capture d’un navire à vapeur. Le , alors à quai à New-York, le brick reçu l’ordre de se joindre au blocus de l'Union qui consistait en un blocus des états de la Confédération. Le Bainbridge était alors stationné au large de Key West en Floride.
En , le Bainbridge fut envoyé à Aspinwall, au Panama, où une importante tempête sévit du 22 au de la même année. Le navire fut sévèrement endommagé, devant larguer par-dessus bord une partie importante du contenu de ses cales et de ses armements. Après d’importantes réparations, elle gagna New York en .
Le , alors que le Bainbridge prenait part au blocus de l’Union, il chavira au large du cap Hatteras, emportant avec lui la totalité de l’équipage, à l’exception d’un seul marin.
Dessin de George H. Rogers montrant le Bainbridge au large de Cuba en 1862
.jpg)
United States Navy
