L'université est structurée en facultés de 1er cycle (学部, gakubu?), qui ont la charge des étudiants de 1er cycle universitaire, et en facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka?), qui ont la charge des étudiants de 2e et 3e cycle universitaire[2].
L'université compte 5 facultés de 1er cycle (学部, gakubu?).
- Faculté de culture et d'éducation
- Faculté d'économie
- Faculté de science et d'ingénierie
- Faculté d'agriculture
- Faculté de médecine
L'université compte 6 facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka?).
- Faculté d'éducation
- Faculté d'économie
- Faculté d'ingénierie
- Faculté d'agriculture
- Faculté de médecine
- Faculté d'agriculture, commune avec l'Université de Kagoshima pour le programme de 3e cycle universitaire.