La création d'un établissement d'enseignement supérieur à Mbujimayi est liée à l'un des événements historiques les plus dramatiques de l'histoire de la République démocratique du Congo: la seconde vague de nettoyage ethnique de la population baluba du Kasaï[2]. Incité dès 1990 par Jean Nguza Karl-I-Bond et Gabriel Kyungu wa Kumwanza, cet acte criminel est devenu systématique à partir d'août 1992 et s'est poursuivi jusqu'en 1994[2]. L'université était une tentative du gouvernement de Mobutu Sese Seko d'apporter une réponse institutionnelle et sociale aux populations touchées, afin d'apaiser la révolte populaire baluba en réaction à ce crime, et de doter la région du Kasaï d'une université publique axée sur la recherche scientifique et l'éducation des jeunes[2].
Le Centre universitaire de Mbujimayi/Université Publique a ouvert ses portes durant l'année universitaire 1993[3]. Sans campus propre, les étudiants menaient une vie nomade, se déplaçant d'un bâtiment à l'autre pour étudier. Le siège administratif de la Communauté presbytérienne du Congo à Mbujimayi, situé avenue Inga, a longtemps servi de centre d'enseignement[2].
À partir de 1999, un plan d'expansion nationale des établissements d'enseignement supérieur a été lancé, s'appuyant sur les trois universités congolaises traditionnelles: l'Université de Lubumbashi, l'Université de Kinshasa et l'Université de Kisangani[2]. C'est dans ce contexte que le Centre universitaire de Mbujimayi est devenu une extension de l'Université de Lubumbashi[2].
En 2005, le professeur Kabongo Makanda et son comité administratif ont réussi à obtenir une autonomie complète pour le Centre universitaire de Mbujimayi/Extension de l'Université de Lubumbashi[2],[4]. Le Centre universitaire est officiellement devenu l'Université de Mbujimayi (UOM), avec le professeur Kabongo Makanda comme premier recteur[2].
En juillet 2025, le président congolais Félix Tshisekedi a fait l'annonce officielle en posant la première pierre du nouveau campus universitaire[5].
