Altermatt vient d'une famille proche du Parti démocrate-chrétien (aujourd'hui Le Centre)[1]. Il étudie l'histoire, la sociologie et les sciences politiques aux Universités de Berne, Fribourg et de Berlin. Il écrit sa dissertation à l'Université de Berne en 1972 sur le thème de des organisations populaires catholiques suisses[2]. De 1973 à 1980, il est lecteur à l'Université de Berne, puis à Fribourg. Il effectue des séjours académiques à Harvard, Vienne, Cracovie, Sarajevo, Sofia et Louvain.
En 1991, il publie son ouvrage «Die Schweizer Bundesräte», qui est republié en 2019 sous le titre Bundesratslexikon. Il commente aussi régulièrement les élections fédérales sur SRF.