À la mobilisation, il prend le commandement de la V° armée en Basse-Alsace[2]. Il a entre autres sous ses ordres le colonel Charles de Gaulle, commandant les chars de cette armée.
Lors de la campagne de France, le général Charles-Marie Condé prend le commandant de la 5earmée à partir du , le général Bourret étant placé en réserve de commandement[3]. Durant la retraite de la 5earmée française, c'est au fort de Girancourt, près d'Épinal, qu'il se rend. Il est alors fait prisonnier le à Gérardmer (Vosges) et passe cinq ans en captivité à la Forteresse de Königstein en Allemagne, d'où il est libéré le . Le , il est de retour en France[4].
Le général Bourret a rédigé un opuscule consacré à la Deuxième guerre mondiale: "La tragédie de l'armée française, mai-", La Table ronde, Paris 1947.