Villa Matamoros s'appelle d'abord San Isidro de las Cuevas et est un quartier de la municipalité d'Allende, à laquelle elle appartenait depuis l'époque coloniale. En 1847, elle est rattachée à la municipalité d'Hidalgo del Parral, puis, le , elle est déclarée chef-lieu de la nouvelle municipalité de San Isidro de las Cuevas[4]. Le , un décret du Congrès de Chihuahua la rebaptise Villa Matamoros, en l'honneur du héros de l'indépendance mexicaine, Mariano Matamoros[5]. Elle obtient également le statut de ville. Brièvement, entre 1931 et 1932, elle fait de nouveau partie de la municipalité de Parral à la suite de la suppression de la municipalité de Matamoros, avant d'être rapidement rétablie. Enfin, le , elle est officiellement nommée Mariano Matamoros, bien qu'elle soit encore principalement connue sous le nom de Villa Matamoros[2].
(es) Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal, Secretaría de Gobernación, Enciclopedia de los Municipios de México, (lire en ligne).
(es) INEGI, División territorial del estado de Chihuahua de 1810 a 1995, Aguascalientes: Instituto Nacional de Estadística y Geografía, (ISBN970-13-1493-X)