Parmi les villes-ponts, celles situées au niveau du dernier pont sur un fleuve, en situation de fond d'estuaire, sont fréquentes et généralement importantes, avantagées aussi par la rupture de charge provoquée par le passage de la navigation maritime à la navigation fluviale ou à des modes de transports terrestres, qui sont à l'origine du port traditionnel qu'elles possèdent le plus souvent, mais qui est souvent délaissé désormais au profit d'avant-ports mieux adaptés à la navigation maritime moderne.
Ce rôle de ville-pont tend à décliner désormais en raison de la multiplicité des modes de transports et surtout des ouvrages d'art (ponts ou tunnels) construits plus en aval et qui permettent d'autres franchissements du cours d'eau et de son estuaire.
Lorsqu'un fleuve se termine par un delta, le rôle de ville-pont est moins net en raison de la multiplicité des bras du fleuve.
Toute ville née de l'existence d'un pont sur un cours d'eau important, plus en amont sur un cours d'eau, est aussi une ville-pont : Orléans, Blois, Tours[1], Saumur[2] sur la Loire par exemple. Lutèce est fondée du premier passage permettant de franchir la Seine, passage facilité par l'existence de l'île fluviale de la Cité. Millau fut longtemps un lieu de passage obligé (et donc d'embouteillages) sur le Tarn avant la construction du viaduc de Millau, comme ce fut le cas par le passé pour Saint-André-de-Cubzac sur la Dordogne pour la route nationale 10 avant la création du pont de l'autoroute A10.
Certaines villes conservent dans leur toponyme la réminiscence du rôle du pont dans leur développement : Pont-à-Mousson, Pont-Audemer, Pont-Saint-Esprit[1], Pontoise, Pont-sur-Yonne, Zweibrücken (Allemagne), Maastricht (Pays-Bas, pont sur la Meuse), Ponte di Piave (Italie), Puente la Reina (Espagne), Bridgetown (Barbade).