Vrcovice se trouve à 5 km au nord-nord-est de Písek, à 47 km au nord-nord-ouest de České Budějovice et à 84 km au sud-sud-ouest de Prague[2].
La commune est limitée par Vojníkov au nord, par Záhoří à l'est, par Písek au sud, et par Čížová à l'ouest[3].
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