Vrčeň se trouve à 4 km au nord-est du centre de Nepomuk, à 32 km au sud-est de Plzeň et à 87 km au sud-ouest de Prague[4].
La commune est limitée par Sedliště au nord, par Čížkov à l'est, par Čmelíny et Tojice au sud, et par Nepomuk, Klášter et Srby à l'ouest[5].
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