Taveras se distingue par sa rapidité autour des buts. Il totalise 34 et 33 vols de buts en 2005 et 2006 pour Houston. En 2005, il participe à ses premières séries éliminatoires. Après avoir maintenu des moyennes au bâton de ,357 en Série de division contre Atlanta et en Série de championnat face à Saint-Louis, il frappe pour ,333 en Série mondiale contre les White Sox de Chicago, mais Houston perd la finale.
Du 27 juillet au , Taveras frappe au moins un coup sûr dans 30 parties consécutives[2], dépassant l'ancienne marque de franchise alors détenue par Jeff Kent. Taveras frappe 45 coups sûrs au cours de cette séquence[3].
À sa première saison au Colorado, Taveras frappe pour ,320 en 97 parties et réussit 33 vols de buts. Il participe à la Série mondiale 2007, où les Rockies s'inclinent devant les Red Sox de Boston. Il connaît de mauvaises séries éliminatoires, avec à peine 3 coups sûrs en 26 présences au bâton. Il est blanchi en 8 présences à la plaque en série finale.
En 2008, Taveras est le champion voleur de buts de la Ligue nationale avec 68 larçins, un sommet dans les majeures.
Willy Taveras avec les Astros de Houston en 2006.
Reds de Cincinnati
Il signe comme agent libre avec les Reds de Cincinnati, pour qui il s'aligne en 2009. Il déçoit cependant avec une moyenne offensive de ,240 et 25 vols de buts, loin de son sommet de l'année précédente.
Le 3 juillet, il accepte un contrat des Braves d'Atlanta, qui le cèdent immédiatement aux mineures[11]. Après quelques parties au niveau AAA avec les Braves de Gwinnett, les Braves le libèrent à leur tour de son contrat le 2 août[12].