Après deux autres saisons à San Diego, il est échangé aux Mets de New York le pour Mike Cameron. Nady connaît sa meilleure saison jusque-là en offensive en 2006: il améliore ses totaux de 13 circuits et 43 points produits de l'année précédente en frappant 17 circuits et en faisant marquer 63 points pour les Mets, puis les Pirates de Pittsburgh. En effet, à la date limite des échanges le , Nady est transféré aux Pirates en retour des lanceursOliver Perez et Roberto Hernandez.
En 2007 pour Pittsburgh, le voltigeur atteint les 20 coups de circuit pour la première fois. Il produit 72 points.
Avant le début de la saison 2009, il signe un contrat d'un an pour 6,65 millions de dollars avec les Yankees. L'investissement de ces derniers n'est pas très profitable puisque Nady se blesse à l'épaule en tout début de saison, le 14 avril, et doit subir une opération après avoir aggravé sa blessure lors d'un match dans les ligues mineures qu'il disputait afin de retrouver la forme[1]. Il n'aura joué que 7 parties avec le club au cours de l'année et est sur la liste des joueurs blessés jusqu'à la fin de la Série mondiale 2009 gagnée par les Yankees.
Cubs de Chicago
Devenu agent libre, il signe en janvier 2010 une entente d'un an pour 3,3 millions de dollars avec les Cubs de Chicago[2]. Nady joue 119 matchs en 2010, surtout au premier but, pour les Cubs et il frappe pour 256 avec six circuits et 33 points produits.
Diamondbacks de l'Arizona
Après une seule année chez les Cubs, Nady devient de nouveau joueur autonome et prend le chemin de l'Arizona après avoir signé une entente d'une saison avec les Diamondbacks[3]. Réserviste au premier coussin, il entre en jeu dans 82 parties de son équipe et frappe pour ,248 avec 4 circuits et 35 points produits.
Le 5 août, il rejoint les Giants de San Francisco. Il frappe un circuit, produit sept points et maintient une moyenne au bâton de ,240 en 17 matchs de saison régulière avec les Giants, complétant la saison régulière 2012 avec 4 circuits, 13 points produits et une moyenne de ,184 en 59 parties au total pour Washington et San Francisco. Les Nationals et les Giants ne l'utilisent qu'au champ extérieur cette saison-là. Il entre en jeu dans quatre matchs des Giants durant la Série de divisions que ceux-ci disputent aux Reds de Cincinnati mais ne soutire qu'un but-sur-balles en six passages au bâton. Laissé de côté pour le reste des éliminatoires, il savoure tout de même la conquête de la Série mondiale 2012 avec San Francisco.
Retour à San Diego
Nady joue 2013 en ligues mineures dans l'organisation des Royals de Kansas City et des Rockies du Colorado[4]. En 2014, il retourne pour 22 matchs là où il avait commencé sa carrière: chez les Padres de San Diego. Il est libéré à la fin mai alors qu'il n'avait frappé que pour,135 de moyenne au bâton, avec 3 circuits et 4 points produits.
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