Yonder Alonso est initialement repêché en 16eronde par les Twins du Minnesota en 2006, mais il ne signe pas avec l'équipe. De nouveau éligible au repêchage amateur, il devient le choix de première ronde des Reds de Cincinnati en 2008. Cette sélection fait de lui le 7ejoueur choisi au total cette année-là. Le 15 août suivant, il signe un contrat de 4,5 millions de dollars pour cinq ans avec les Reds, assorti d'un boni à la signature de deux millions[1].
En 2009, Alonso est classé meilleur joueur d'avenir de l'organisation des Reds d'après Baseball America[2].
Frappeur gaucher et joueur de premier but, Alonso commence à patrouiller le champ gauche[3] dans les ligues mineures en 2010, puisque le poste de premier sac à Cincinnati est déjà confié à l'un des meilleurs joueurs des Reds, Joey Votto. Le 1er septembre 2010, alors que les clubs des majeures augmentent leurs effectifs à 40 joueurs pour le dernier droit de la saison régulière, Alonso est rappelé par le grand club. Il fait ses débuts le jour même.
Malgré les 69 matchs disputés en deux ans pour Cincinnati, Alonso est toujours considéré comme une recrue lorsqu'il joint les Padres. Il termine cinquième en 2012 au vote désignant la recrue de l'année en Ligue nationale[7] grâce à une saison de 150 coups sûrs, 9 circuits et 62 points produits en 155 matchs joués. Avec 39 doubles, il bat l'ancienne marque de franchise pour un joueur recrue établie par Benito Santiago avec 33 coups de deux buts en 1987[8]. Sa moyenne au bâton atteint ,273.
Avec 6 circuits en 42 matchs des Mariners, Alonso complète sa saison 2017 avec un nouveau record personnel de 28 circuits et 67 points produits en 142 matchs au total.
Indians de Cleveland
Le , Alonso signe un contrat de 16 millions pour deux saisons avec les Indians de Cleveland[12].