Yves Decaens rejoint la rédaction de France Inter en 1995 et travaille dans l'équipe de la matinale pendant dix ans. Il présente d'abord le journal de 7h30[1] ainsi que ceux de 6h et 9h, puis la revue de presse à partir de 2001[1] et jusqu’en 2005 en remplacement de Pascale Clark.
En 2005-2006, il présente le 13/14, à mi-chemin entre le journal et le magazine[3].
En , il rejoint Isabelle Giordano pour coprésenter le magazine Service Public chaque matin de 9h30 à 10h30, dont il est rédacteur en chef avec Christian Bauby[4].
De à , Yves Decaens est chef des informations de la rédaction de France Inter[5].
À partir de et jusqu'en , il est rédacteur en chef des matinales du week-end et présente également les éditions de 8h et de 10h[6]. En parallèle, il propose durant la saison 2010-2011 la chronique hebdomadaire Le journal de la semaine dans le 7/9 du week-end de Patricia Martin et Fabrice Drouelle.
À compter de , il est notamment remplaçant d'Éric Delvaux à la présentation du 5/7, des grandes éditions, de la revue de presse et des autres magazines d'informations de la rédaction. Il présente les grands journaux de 13h et 19h du vendredi soir au dimanche soir.
Le , à 13 h puis à 19 h il présente à l'antenne ses deux derniers journaux avant de partir en vacances puis de prendre sa retraite[7].