Whedon est issu d'une famille de scénaristes: il est le fils du scénariste de séries télévisées Tom Whedon, le petit-fils du scénariste de séries télévisées John Whedon, et le frère du scénariste et musicien Jed Whedon et du producteur, réalisateur et scénariste Joss Whedon[1].
Son premier travail professionnel à la télévision a été en tant qu'assistant de production sur la série Angel de son frère Joss.
Whedon rejoint l'équipe technique de la série Deadwood en tant qu'assistant du producteur exécutif David Milch. Durant la troisième et dernière saison, il devient scénariste quand il co-écrit l'épisode Talents cachés avec l'assistant scénariste Nick Towne[2]. Les scénaristes, dont Whedon, ont été nommés pour le Writers Guild of America Award du Meilleur scénario pour une série télévisée dramatique en pour leur travail sur la troisième saison.
Il a aussi écrit et joué dans un épisode de la série suivante de Milch, John from Cincinnati.
À partir de , il scénarise la mini-série de comics Serenity: Leaves On The Wind, illustrée par Georges Jeanty. La mini-série continue l'histoire de la série Firefly et du film Serenity, se passant environ neuf mois après la fin de ce dernier[4].
↑ Épisode Amateur Night, neuvième épisode de la troisième saison de la série Deadwood. Scénario de Nick Towne & Zack Whedon Diffusé pour la première fois le 8/6/2006 sur le réseau HBO. Autres crédits: Adam Davidson.