Édouard de Mercx est le fils de Louis de Mercx, président de la Cour supérieure de justice de Bruxelles, conseiller privé de Sa Majesté l'empereur d'Autriche[1], et de Marie Anne Piéret. Il épouse la sœur du vicomte Hippolyte de Baré de Comogne.
Admis comme cadet au régiment des uhlans du comte de Merveldt en 1801, il participe à l'ensemble des combats de ce régiment jusqu'à la bataille d'Austerlitz. Passé capitaine au régiment des chasseurs d'Arnauts en 1809, il y sert en qualité de chef d'escadron lorsque, obéissant au décret de 1810, il passe à l'armée française en novembre 1811.
Au cours de la campagne de Russie, il est blessé, fait prisonnier et déporté à Saratov, puis à Astrakhan. Il s'empare d'un courrier important et se fait remarquer par Napoléon Bonaparte à Dresde, qui le décore. Promu au grade de lieutenant-colonel, il prend part à la campagne de France.
À la suite de Napoléon Bonaparte, il quitte de l'armée française et passe au service à celle du Royaume uni des Pays-Bas en qualité de major avec rang de lieutenant-colonel au 5e régiment des chevau-légers van der Burch, qu'il commande avec distinction. Il est grièvement blessé et mis hors de combat lors d'une charge au cours de la bataille des Quatre Bras.
Promu colonel en 1815, il démissionne de l'armée néerlandaise en 1820, avant de reprendre du service dans les troupes belge avec le grade de général-major le 17 mai 1831.
Il est pensionné en 1848.