Son histoire a commencé en 1471 lorsque Stanislovas Sendzivojevičius, le maréchal de la cour du grand-duché de Lituanie, a fait don d'un terrain à la périphérie de Kaunas et Ivaška Viaževičius, l'aîné de Kaunas, a accepté de financer la construction d'une église en bois et d'un monastère adjacent pour les moines bernardins[2],[1]. Deux décennies plus tard, il fut décidé de reconstruire l'église et le monastère dans un style gothique en brique[1],[2]. La construction a commencé en 1492 et s'est terminée en 1502[1].
Elle a été construite à peu près en même temps que l'église Sainte-Anne et les églises des Bernardins de Vilnius et, à l'époque de sa construction, elle était le deuxième ensemble des Bernardins en Lituanie après l'ensemble de Vilnius[1]. Les trois églises ont probablement été construites par le même architecte célèbre de Dantzig, Michael Enkinger[1].
L'église a été gravement endommagée pendant les guerres napoléoniennes et plus récemment pendant l'occupation des États baltes, lorsque l'église a été transformée en entrepôt de médicaments[2].
