La congrégation a été créée vers 1882 avec 194 membres issus de l'église baptiste de Washington Avenue (Brooklyn, New York). La congrégation Emmanuel a chargé l'architecte E.L. Roberts, l'architecte de l'église baptiste de Washington Avenue, de leur construire une petite chapelle provisoire de style gothique à deux étages sur St. James Place (1882-1883). La collecte de fonds pour l'église a commencé en 1884.
Elle a été construite en 1887 selon les plans de l'architecte Francis H. Kimball dans le style néo-gothique « comme synthèse du type de cathédrale et de l'église de prédication baptiste ». Elle est considérée comme l'une des plus belles réalisations de Kimball, et a été inscrite au registre national des lieux historiques en 1977[1]. Le bâtiment de l'église a été inauguré le 17 avril 1887. Le critique d'architecture Montgomery Schuyler l'a salué comme « une conception très riche et bien réfléchie »[2].
Selon un recensement de l’église publié en 2023, elle aurait une assistance hebdomadaire de 2 200 personnes[3].
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