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Éléonore Charlotte de Saxe-Lauenbourg-Franzhagen (allemand: Eleonore Charlotte von Sachsen-Lauenburg; à Marienfließ en Poméranie; à Franzhagen Château, Schulendorf) est une duchesse de Saxe-Lauenbourg par la naissance et, par son mariage, duchesse de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Franzhagen.
Elle épouse le Christian Adolphe de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Franzhagen (1641-1702). Après la mort de sa sœur aînée Erdmuthe-Sophie en 1689, Éléonore Charlotte devient l'héritière de Franzhagen avec le château. En 1667 Christian Adolphe fait faillite, et le roi Frédéric III de Danemark en tant que seigneur féodal rétracte le fief. Éléonore Charlotte se rend à Copenhague, et négocie personnellement, mais sans succès, avec le roi pour récupérer les territoires. Son conjoint reçoit une pension annuelle, ce qui aide le couple à financer un mode de vie princier.
Le couple s'installe au château de Franzhagen dans le duché de Saxe-Lauenbourg, dont Éléonore Charlotte a hérité, fondant ainsi la lignée de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Franzhagen. Après la mort de son mari, Éléonore Charlotte garde le château comme Douaire, parce que ses deux fils ont contracté un Mariage morganatique.