- Title III （タイトル3）
- Neo Arcadia March （ネオ・アルカディア・マーチ）
- Forbidden Ark （忌わしき箱船）
- Break Out （ブレークアウト）
- Darkness over World （暗澹）
- Exiled One —Omega— （追放されしモノ-オメガ）
- Omega Battle （オメガバトル）
- Curse of Vile （怨讐の科学者）
- Result of Mission III （リザルト3）
- Prismatic （プリスマティック）
- Visor Eyes （バイザー・アイズ）
- Volcano （ボルケノ）
- Water City （ウォーター・シティ）
- Reborn Mechanics （リボーン・メカにクス）
- Old Life Space （オールド・ライフ・スペース）
- Créer and Prier （クリエとプリエ）
- Crash III （クラッシュ3）
- Final Count Down （ファイナルカウントダウン）
- Omega Missile （オメガミサイル）
- Darkelf —Arrange— （ダークエルフ -Arrange-）
- For Endless Fight III （果てしなき戦いへ3）
- Sand Triangle II （サンド・トライアングル2）
- Infiltration II （潜入2）
- Neo Arcadia III （ネオ・アルカディア3）
- Cold Smile （冷めた微笑）
- Trail on Powdery Snow （パウダー・トレイル）
- Submerged Memory （水没した記憶）
- High-Speed Lift （ハイ・スピード・リフト）
- Hell's Gate Open （ヘルズゲイト）
- Scrapped Beat （スクラップ・ビート）
- Judgement Day （ジャッジメント・デイ）
- Return to Zero （ゼロ／リターン）
- Apocalypse Now （魔神降臨）
- Cannon Ball （キャノンボール）
- I, 0 Your Fellow （あなたはゼロ）
- エンディング。
- Everlasting Red （紅き伝説）
- スタッフロール曲。
- Labo —System-a-Ciel— （ラボ-システマ・シエル）
- ZERO Chronicles 史篇[青き生命の帰還] -
- Retrospect1_Elf War （思／妖精戦争）
- サイバーエルフとなったエックスの回想として、妖精戦争終盤のオメガとの最終決戦や、ゼロの封印が語られるエピソード。
- Record1_Clockwork Apple （史／禁忌）
- ロックマンゼロ2に登場したエルピスが「TK31」と番号で呼ばれる都市管理局員レプリロイドだった頃のエピソード。
- Record2_Irregular Passion （史／希望）
- 「プロジェクト・エルピス」の全貌を垣間見たTK31が、エルピスを名乗ってレジスタンスに参加するまでを描いたエピソード。
- Decision_Eight Gentle Judges （司／より良き選択）
- バイルによって改造される前のバイル八神官が、自分たちの審議とネオ・アルカディアのこれからをハルピュイアと共に話し合うエピソード。
- Diary_Alouette's Good Day （誌／アルエットがゆく！）
- 2体のベビーエルフにアルエットが「クリエ」「プリエ」と名付けるまでの過程を描いたエピソード。
- Will1_Vile Numbers （志／厄災来たれり）
- ハルピュイア目線で語られる、ネオ・アルカディア四天王がオメガに敗れた直後のエピソード。
- Will2_Light and Shadow （志／彷徨える魂）
- 自爆してサイバーエルフと化したファントムが、サイバーエルフXからゼロへの助力を求められるエピソード。
- Will3_Stand and Fight （志／誰が為に）
- オメガに敗北したファーブニルとレヴィアタンが、サイバー空間にてエックスやファントムと邂逅するエピソード。
- Will4_With Our Justice （志／反撃）
- 傷が癒えたネオ・アルカディア四天王が再集結するエピソード。
- Retrospect2_Dream's Never End （思／魂、幾星霜）
- 再びサイバー空間で眠りに着こうとするエックスの思いが語られるエピソード。
