アイナロは1975年から1999年にかけてのインドネシア占領期と、1999年8月30日の独立を問う住民投票を前にした数か月間、インドネシア軍の支援を受けた親インドネシア派民兵の大規模な拠点となっていた。その結果、インドネシア軍が主導した焦土作戦により、市内の建物の95%以上が破壊され、ほぼ壊滅的な被害を受けた。
2008年6月26日、映画俳優のジャッキー・チェンは、ユニセフ親善大使としてアイナロを訪問し、600人の観客に自身の新作映画『ドラゴン・キングダム』を上映した。チェンはこの機会を通じて、武術を平和的に活用することを訴えた。東ティモールでは当時、武術クラブを名乗る犯罪集団による問題が深刻であった[3]。