2015年4月、ラ・リネアと呼ばれる税関の汚職組織にペレス政権が関与していたことがスキャンダルになり、5月に副大統領のロクサーナ・バルデッティ(Roxana Baldetti)が辞職、マルドナドはその後任の副大統領に選出された[1]。同年9月には大統領本人が辞職・逮捕され、憲法の規定に従って本来の残りの任期にあたる翌年1月までの5か月間マルドナドが大統領代理をつとめた[1][4][5]。マルドナドはこのときすでに79歳の高齢だった。同月行われた選挙(2015 Guatemalan general election)で元コメディアンのジミー・モラレスが次期大統領に選出された。
著書に『犯罪の力学』(La dinámica del delito, 1965)、『犯罪と芸術』(El delito y el arte, 1994)、『グアテマラの憲法』(Las constituciones de Guatemala, 1984)ほかがある[2]。『目撃者の中の目撃者』(Testigo de los testigos, 2004)は自伝的な著作である[6]。