十字キーで上下左右のいずれかに移動（斜め移動はできない）、Aボタンで攻撃、Bボタンでステージ中のオブジェクトからヒントを探し出し[注 1]、謎を解くことで進行していく。
敵は画面端から出現し、主人公と違って自由自在に移動してくる。攻撃はどの位置からでも主人公の方向に発射され、少しずれた位置（主に主人公の進行方向）に飛んでくるため回避が難しい。
画面上には体力ゲージに加えて「性格ゲージ」が表示され、道中のアイテム取得などで「ライト（Ｌ）」か「ダーク（Ｄ）」のどちらかに寄っていく。説明書では「ダークサイドの方が強い」と明言された上で、以下の内容が記載されている[注 2]。
しかし、ダークサイドの心でゲームを終わらせることはできるのでしょうか？それはここでは明かせません。光の心が良いのか、闇の心が良いのか、あなた自身が悩んでください。
あなたの選んだ性格がゲームを左右する。そう『エルナークの財宝』は、ファミコン初の性格派ゲームなのです。 — 『エルナークの財宝』説明書 8P
- 主人公
- プレイヤーの分身であり、友人思いの正義漢。ジョーからの手紙を受け取り、彼が待っているというモレイの遺跡へ向かう。
- ジョー・クロサワ
- 主人公の親友で、トレジャーハンター。エルナークの財宝を求めて南米のラデアを訪れていたが、ネクロミアの神殿に向かう前夜に主人公へ助力を求める手紙を送った。
- 謎の少女
- ラデアに到着した主人公に「聖なる石」を渡した見知らぬ少女。タイトル画面で放置していると表示されるプロローグにだけ登場する。
- なぜか主人公の目的を知っており、「闇の勢力を滅ぼさねばあなたの友達を助けることはできません」と話しかけてくる。また、プレイヤーの行く手を遮る岩・木・柱などに聖なる言葉（ヒント）があることや、「性格ゲージ」の仕様、アイテムの効果を教えてくれる[注 3]。