種小名tectaはラテン語で「隠す・隠れた」の意があるtectusに由来し、和名の「カクレ」もこれに由来する[1]。英名Hoodwinkerは「騙す・トリックスター」の意[1]。これは初期の分類学者から関心を寄せられながらも、3世紀近く記載されていなかったことに由来する[1]
2005年に世界中のマンボウ属の標本のミトコンドリアDNAのD-loop領域の分子系統解析からM. ramseyiがオーストラリア（太平洋）と南アフリカ共和国（大西洋）の2系統に分かれるという解析結果が得られた[2]。2009年に日本近海の標本も多く含めた世界中のマンボウ属の標本122頭のミトコンドリアDNAのD-loop領域の分子系統解析から、マンボウ属は少なくとも3種に分かれるという解析結果が得られ、本種はその中の1頭（オーストラリア産）のみでgroup Cとされていた（group A=ウシマンボウ・M. ramseyiの可能性がある、group B=マンボウ・M. molaの可能性がある）[1][3]。この解析ではgroup Cの個体は、前述した2005年の系統解析で南アフリカ共和国産の系統に含まれることも判明した[1]。2017年にニュージーランド産も含むMora sp. Cの27標本による形態比較とミトコンドリアDNAのD-loop領域・COI遺伝子の分子系統推定から、新種記載された[1]。
種小名はラテン語の tēcta で、「隠された…、秘密にされた…」などの意。皮膚サンプルのDNA解析によって初めて別種の存在が判明したもので、外見ではマンボウとの区別が容易ではないため、従来はその存在が認知されなかったいわゆる隠蔽種であることに由来する。同様の理由で 和名も「カクレマンボウ」と名づけられた[4][5]。
