カテプシンKは、カテプシンB、L、Sなどと同様、リソソームに局在するシステインプロテアーゼの1つである。
手塚らにより、ウサギ破骨細胞に特異的に発現する遺伝子の1つとしてOC-2がクローニングされ[1]、本遺伝子が新規システインプロテアーゼをコードする可能性が示された。その後、ヒトにおけるOC-2相同遺伝子もクローニングされ[2]、データベース検索の結果、本遺伝子が、カテプシンLやカテプシンSと中程度の相同性を示す新規システインプロテアーゼをコードすることが明らかとなった。本遺伝子のクローニングに関しては、複数の研究グループがほぼ同時期に論文報告を行い、カテプシンK、カテプシンO2、カテプシンXといった名称が提唱されたが、最終的にカテプシンKが正式名称として採用されることになった。なお、このKは、クローニングに携わった、久米川、小久保、(手塚)建一といった主要メンバーのイニシャルに含まれるKに由来する[3]。
破骨細胞において産生されたカテプシンKは、骨表面に面した波状縁から骨表面へ向けて分泌され[4]、主要骨基質成分であるⅠ型コラーゲンを強力に分解にすることにより、骨吸収に関わる[5]。なお、破骨細胞にはカテプシンB、L、Sの発現も認められるが、その程度はカテプシンKに比べてきわめて低い[6]。