この地には西暦700年ごろカネム・ボルヌ帝国が勃興し、1376年にいったんカネム・ボルヌ帝国の支配下より離れるも、16世紀に入りイドリス・アローマによって再びカネム・ボルヌ帝国の支配に戻った。
2008年、東部のバル・エル＝ガゼル県が独立し、バル・エル＝ガゼル州となった。
2021年4月、チャドで行われた大統領選挙に合わせて「チャド変革友愛戦線（英語版）」（FACT）がリビア国境を越えてカネム州へ軍事攻勢を開始。一時はカネム州を解放したとの報道もなされたが[1]、同年5月9日までに大規模な戦闘は終了し、チャド軍が勝利宣言を行っている[2]。
