カワゴカイ属には、以下の種が確認されている[1][2]。
- Hediste astae Teixeira, Ravara, Langeneck & Bakken, 2022
- ヒメヤマトカワゴカイ H. atoka Sato & Nakashima, 2003
- ヤマトカワゴカイ H. diadroma Sato & Nakashima, 2003
- セイヨウカワゴカイ H. diversicolor (O.F.Müller, 1776)
- アリアケカワゴカイ H. japonica (Izuka, 1908)
- タンスイカワゴカイ H. limnicola (Johnson, 1903)
- H. pontii Teixeira, Ravara, Langeneck & Bakken, 2022
- H. rabatensis (Mohammad, 1989)
ヒメヤマトカワゴカイ、ヤマトカワゴカイ、アリアケカワゴカイの3種は、かつてゴカイ(学名:H. japonica)という単一の種として考えられていたが、近縁な複数の種の集合体であることが明らかになり、3種に分割された[3]。