スーパーモンキーボール2

ゲームの操作およびルールは概ね前作のものを踏襲している。

メインゲームでは新しく「ストーリーモード」が追加された。これはストーリーに沿って10ステージで構成された各10ワールドをクリアしていくというもので、何度ミスしてもやり直しが可能で、ゲームオーバーの概念がないのが大きな特徴である。

前作の「ノーマルモード」は「チャレンジモード」となって用意されている。背景が異なるものの、「ストーリーモード」のステージと同じものが大半であるが、ボーナスステージ、エクストラステージなど、チャレンジモード専用ステージも存在する。

• ストーリーモードの追加。
• メインゲームにおいての対戦モードの廃止。
• 難易度の名称の変更(前作の「初級」「中級」「上級」はそれぞれ「やさしい」「ふつう」「むずかしい」になった)。
• エクストラステージへの突入条件が全てノーコンティニューで通常ステージをクリアすることになった。また、前作のマスターステージは「むずかしい」から独立した「たつじん」というレベルになった(こちらにはむずかしいとは別に、たつじん専用のエクストラステージがある)。
• 各ステージに名前が割り振られた(厳密には前作のステージにも名前はあったが、ゲーム内では表示されず、攻略本等でしか見られなかった)。
• ある1ステージを除いて、ステージは総じて板のような仕掛けの無い平らな足場からスタートするようになった。厚みが異なる二種類が存在し、同じ名称のステージ同士でも背景によって種類が異なる場合がある。
• 緑ゴール、赤ゴールのワープ数が固定になった(前作では同じ色のゴールでもステージによってワープ数が異なった)。
• ワープゴールがエクストラステージやマスターステージでも登場する。
• バンパーが登場するステージが大幅に減り、5種類のみとなった(背景が違うだけのもの同士は同一とみなした場合)。
• 新しい仕掛けであるスイッチの登場。「巻き戻し」「逆再生」「停止」「再生」「早送り」の5種類が存在し、ステージの動く仕掛けを操作できる。ただし動く仕掛けがありながらスイッチが存在しないステージや、スイッチを押しても止められない仕掛けがあるステージも存在する。
• 同じく新しい仕掛けとしてワープゲートが登場する。鏡のような面から入るともう一方から出る。出てきた場所に戻る事も可能。
• 前作では上級の最後のものを除いてボーナスステージにはゴールが存在しなかったが、今作では全てのボーナスステージにゴールが存在する。また、バナナを全て取ってもそれだけではステージが終了しない。
• 残り時間が10秒を切るとBGMが専用のものに切り替わるようになった。
• ステージから勝手に効果音がなることがない。
• れんしゅうモードにて、それぞれのステージのクリア率が表示されるようになった。