1552年、アントニオ・ロドリゲスが現在のソンソナーテ市の位置にVilla of Sagrado Espirituを建設した。
1553年、ペドロ・ラミレス・デ・キニョネスとフランシスコ・マロキン司教がVilla de la Santísima Trinidadに改名した。
1726年、聖ドミンゴ教会が建設された。
1824年4月1日、Villa de la Santísima Trinidadが市に昇格した。
6月12日、ソンソナーテ県が設置され、Villa de la Santísima Trinidad市を県都とした。
1859年1月29日、北部が分離し、サンタ・アナ県が設置された。