肉胞子虫科

成熟オーシスト内にはスポロシスト2つが生じ、その内部に4つのスポロゾイトが生じるが、スチーダ小体は存在しない。組織中に様々な大きさのシストを生じる。

古典的には原生動物門胞子虫綱住肉胞子虫目に所属させていたが、その位置付けを巡っては様々な議論があった。1960年代から1970年代にかけて生活環が明らかとなったことで、コクシジウム類の一部とみなされるようになった。

下位分類は以下の通りである。^[1]

肉胞子虫亜科 Sarcocystinae Poche, 1913

シスト中にブラディゾイト（緩増虫体、bradyzoite）とメトロサイト(metrocyte)の2種類の細胞を生じる。必ず中間宿主と終宿主の間を往復する生活環を持つ。肉胞子虫属に100種以上知られているほか、Frenkelia属が知られている。

トキソプラズマ亜科 Toxoplasmatinae Biocca, 1957

シスト中には1種類の細胞のみが含まれている。トキソプラズマ科(Toxoplasmatidae)として独立に扱う場合もある。計数十種が知られている。

シストイソスポーラ

シスト中には虫体(zoite)が単独で存在している。

トキソプラズマ・ネオスポラ

シスト中にはブラディゾイトが多数存在し、宿主の細胞核を含まない。中間宿主どうしでの伝播が起きる。

ベスノイチア

シスト中にはブラディゾイトが多数存在し、宿主の細胞核が含まれる。中間宿主どうしでの伝播が起きる。

ハモンディア・Heydornia^[2]

シスト中にはブラディゾイトが多数存在し、宿主の細胞核を含まない。中間宿主どうしでの伝播が起きない。

またカエルの腎臓に寄生するHyaloklossia lieberkuehni^[3]およびコウモリの腎臓に寄生するNephroisospora eptesici^[4]は本科（とくにトキソプラズマ亜科）に所属すると考えられている。